برهمکنش بین مولکولی
به طور کلی شیمی ابرمولکولی با برهمکنش های پیوندی غیرکووالانسی سر و کار دارد. در مهندسی بلور بیش از جنبههای دیگر شیمی ابرمولکولی اثر متقابل این برهمکنش¬ها می بایست مورد توجه قرار گیرد. برخی از انواع این برهم¬کنشها عبارت اند از: یون – یون، یون دو قطبی، دوقطبی دو قطبی، نیروهای واندروالس، برهمکنش л - л و پیوند هیدروژنی، که درجه متفاوتی از قدرت، سمت¬پذیری و وابستگی به فاصله و زاویه را نشان میدهند.
نیروهای گستردهی متوسط به ویژه، برهمکنشهای واندروالس شکل مولکولی را توجیه کرده، و در پایداری کل بلور به خوبی شرکت می کنند. نیروهای دور بردتر همچون پیوند هیدروژنی جهتدار بوده و حتی ممکن است مقداری ویژگی کووالانسی پیدا کنند. نیروهای یونی خیلی دور برد، مانند آن چه بین کاتیونهای فلزی و هترو اتمهاست، کنترلهای ویژه و فشارهای زیادی بر ساختار بلور اعمال میکنند . در میان بر هم کنشهای غیرکووالانسی، پیوند هیدروژنی نقش اصلی را دارد .
هم اکنون موفقترین استراتژی برای مهندسی ساختار بلور، از مزیت بر همکنشهای پیوند هیدروژنی بین مولکولها، به عنوان وسیله ی اصلی جهت کنترل خود – مجموعه سازی مولکولی در طی فرآیند تبلور سود میجوید. این روش از توانائی جهت دهندگی قوی پیوند هیدروژنی، جهت سازماندهی مولکولهای منفرد و تبدیلشان به انبوههای ابرمولکولی که ساختار کاملاً معینی دارند بهره میرد. این مولکول های سست به هم پیوسته که تشکیل انبوهه های ابر مولکولی می-دهند، به دلیل یکپارچه بودن رفتار، اغلب خواص فیزیکی و شیمیایی بی مانندی نشان میدهنداز سوی دیگر جهت ایجاد مجموعه ی ابر مولکولی از مولکولهای آلی، با ساختارهایی که در یک بعدی یا دو بعدی بودنشان حق انتخاب و کنترل داریم، از پیوند هیدروژنی استفاده شده است. اما یک مشکلی که بسیاری از این سیستمها دارند، این است که ترکیبات آلی دارای گروههای عاملی گوناگون، تمایل به تشکیل بیش از یک الگو از پیوند هیدروژنی را دارند