ملوان از سال ۵۲ به بعد در تمام ادوار لیگ ایران حاضر بود و تنها در سال ۷۵ بود که برای اولین بار در مسابقات لیگ فوتبال سقوط را تجربه کرد. ملوان در سال ۷۸ برای دومین بار سقوط کرد. آنها برای سومین بار در سال ۸۱ به دسته اول سقوط کردند. با این حال یک کارنامه مثبت برای همیشه از ملوان در تاریخ فوتبال ایران ثبت شده است ، ملوان تا سال ۸۰ بهترین تیم شهرستانی تاریخ لیگ ایران بوده است. گرچه بعد از آن سپاهان و فولاد خوزستان، ملوان را به پله سوم سکوی افتخار شهرستانیها بردند اما هنوز ملوان با کسب عنوان بهترین شهرستانی جام تخت جمشید ، سه عنوان قهرمانی در جام حذفی کشور و ۳ نایب قهرمانی در این جام ، ۲ دوره حضور در باشگاههای آسیا به عنوان نماینده ایران و ... صاحب رکوردی قابل توجه در تاریخ فوتبال کشور است.
باشگاه فرهنگی ورزشی ملوان نیروی دریایی بندر انزلی در سال ۱۳۴۸ و فقط در رشته فوتبال ، با حمایت ناوبان کریم رستگاری راد ، رییس وقت تربیت بدنی نیروی دریایی انزلی و با مربیگری آقای بهمن صالح نیا پدر فوتبال گیلان که بازیکن تیم ملوان نیز بود ، تاسیس گردید. بهمن صالح نیا که معلم ورزش مدارس انزلی بود باشگاه ملوان را با جمعی از شاگردان خود تشکیل داد. ملوان که کار خود را از مسابقات دانش آموزی کشور و مسابقات استانی شروع کرد و طی مدت کوتاهی پا به عرصه لیگ دسته اول کشور گذاشت و از همان ابتدا با ارائه بازیهای زیبا و کسب نتایج شایسته ، توجه همگان را به خود جلب نمود. در حال حاضر ملوان علاوه بر تیم فوتبال بزرگسالان دارای تیمهای فوتبال نونهالان مدرسه فوتبال، نوجوانان، جوانان، امید و تیمهای قایقرانی، بسکتبال و بوکس و نیز قایقرانی و فوتسال و فوتبال برای بانوان می‌باشد . بطوری که بیش از ۶۰۰ جوان در بندر انزلی زیر پوشش این باشگاه فعالیت می‌کنند
افتخارات و سابقه:
۱۳۴۸ : تاسیس باشگاه
۱۳۵۱ : ورود به لیگ دسته اول ایران ( جام تخت جمشید )
۱۳۵۲ : بهترین تیم شهرستانی ایران در جام تخت جمشید با کسب مقام پنجم ، مقام دوم در جام عمران منطقه‌ای پاکستان
۱۳۵۳ : مقام ششم در جام تخت جمشید ، آقای گلی عزیز اسپندار با ۱۰ گل زده
۱۳۵۴ : مقام هفتم در جام تخت جمشید
۱۳۵۵ : بهترین تیم شهرستانی ایران در جام تخت جمشید ( مقام هفتم ) ، قهرمان اولین دوره جام حذفی ایران با پیروزی ۴ بر یک مقابل تراکتورسازی تبریز
۱۳۵۶ : بهترین تیم شهرستانی ایران در جام تخت جمشید با کسب مقام سوم ، آقای گلی عزیز اسپندار با ۱۶ گل زده
۱۳۵۷ : مقام ششم در جام تخت جمشید
۱۳۶۰ : مقام سوم در جام وحدت با شرکت تیمهای سوریه، الجزایر، استقلال، پیروزی و امیدهای ارتش ایران
۱۳۶۵ : قهرمان جام حذفی با غلبه ۲ بر ۱ بر تیم خیبر خرم آباد - قهرمان گروه مقدماتی جام باشگاههای آسیا در سریلانکا ( سال ۱۹۸۷ میلادی )
در دور مقدماتی این مسابقات در سریلانکا، تیم ملوان در طی ۳ مسابقه با زدن ۲۱ گل و دریافت تنها یک گل به مقام اول گروه رسید اما متاسفانه پیگیری دور بعدی مسابقات با توجه به مسایل بین المللی ممکن نشد. ملوان ۷ - بانک پاکستان ۰ ( قایقران ۳ گل ، محمدیان ، احمدزاده ، اسپندار ، قنبرنژاد) ملوان ۱ - ساندرز سیلان ۱ ( قایقران) ملوان ۱۲ - مالدیو ۰ ( قایقران ۴ گل - احمدزاده ۳ گل - اسپندار ۲ گل - محمدیان - دلخوش - قنبرنژاد)
۱۳۶۶ : نایب قهرمان جام حذفی با شکست ۱ بر ۰ در تک بازی انجام شده در تهران در مقابل تیم پرسپولیس
۱۳۶۷ : نایب قهرمان جام حذفی با شکست ۵ بر ۳ در دو بازی رفت ( پیروزی ۳ بر ۱ ) و برگشت ( شکست ۴ بر ۰ ) در مقابل شاهین اهواز
۱۳۶۸ : بهترین تیم شهرستانی ایران با کسب مقام سوم در لیگ ، آقای گلی محمد احمدزاده با ۱۶ گل زده
۱۳۶۹ : قهرمان جام حذفی با پیروزی ۶ بر ۵ در مقابل استقلال تهران در تک بازی انجام شده در تهران " حذف از مسابقات آسیایی ( ۱۹۹۲ ) با دو تساوی ۱-۱ و ۰-۰ در مقابل الرمثه اردن "
۱۳۷۰ : مقام چهارم لیگ ، نایب قهرمان جام حذفی با شکست ۲ بر ۱ مقابل پرسپولیس در تک بازی انجام شده در تهران
۱۳۷۱ : مقام چهاردهم لیگ
۱۳۷۲ : مقام سیزدهم لیگ
۱۳۷۳ : مقام هفتم لیگ
۱۳۷۴ : مقام دوازدهم لیگ
۱۳۷۵ : مقام چهاردهم لیگ و سقوط به دسته دوم
۱۳۷۶ : قهرمان دسته دوم و صعود به لیگ
۱۳۷۷ : مقام سیزدهم لیگ
۱۳۷۸ : سقوط به دسته دوم
۱۳۷۹ : مقام دهم لیگ حرفه ای
۱۳۸۰ : مقام دوازدهم لیگ حرفه ای
فصل ۸۱ الی ۸۲ لیگ حرفه‌ای : مقام چهاردهم و سقوط به دسته اول
فصل ۸۲ الی ۸۳ : نایب قهرمان دسته اول و صعود به لیگ حرفه‌ای ، نماینده ایران در مسابقات المپیک آسیاو آفریقا
فصل ۸۳ الی ۸۴ : مقام هفتم لیگ و کسب عنوان پدیده لیگ حرفه ای
فصل ۸۴ الی ۸۵ : مقام یازدهم لیگ حرفه ای
فصل ۸۵ الی ۸۶ : حضور در لیگ حرفه ای
فصل ۸۶ الی ۸۷: مقام شانزدهم لیگ حرفه ای