- روش بیوشیمیایی
این روش نیز به طور وسیع در گیاهان بیشتر از حیوانات مطالعه شده است. استفاده از این قبیل صفات در رده بندی اولین بار در سال 1813 به وسیله کاندول برای جدا کردن گونه های نزدیک به هم گیاهان شروع شد. امروزه این حقیقت کاملا شناخته شده است که متابولیسم یک موجود مجموعه ای از تغییرات شیمیایی است و مرفولوژی ، رفتار و اکولوژی یک موجود باید به متابولیسم آن وابسته باشند. حیوانات حاوی تعداد زیادی از ترکیبات پیچیده مانند هورمونها ، آنزیمها و سایر پروتئینهای دارای پپتیدها ، اسیدهای نوکلئیک ، اسیدهای آمینه و قندها هستند. تکنیکهای رده بندی بیوشیمیایی احتمالا کمتر تحت تاثیر مستقیم عوامل محیطی قرار می گبرند و نسبت به بسیاری از تجزیه و تحلیلهای مرفولوژی متداول اختلافات ژنتیکی را بهتر منعکس می نمایند. کار اصلی متخصص رده بندی بیوشیمیایی مقایسه و مقابله ترکیبات هم ردیف با نقش مشابه در گونه های مختلف حیوانی با توجه به خصوصیات و توزیع آنها در اندامهای مختلف بدن است. بنابراین گونه ها را می توان بر اساس توالی های آمینواسید در پروتئین های یک موجود و بر اساس اختلافات موجد در گونه های مختلف از یکدیگر متمایز کرد. Crick آنرا رده بندی پروتئینی نامید. این اعتقاد نیز وجود دارد که تغییرات و ساختمان آنزیم می تواند در کشف گونه های جدید کمک نماید. Lahni آنرا رده بندی مولکولی نامید. رده بندی مولکولی در اصل شامل توالی نوکلئوتیدها در پلی نوکلئوتیدها بود. Turner ترجیح داد که آن را به دو نوع رده بندی مولکولهای کوچک و رده بندی مولکولهای بزرگ تقسیم نماید. رده بندی مولکولهای کوچک به توزیع و روابط بین سنتز حیاتی ترکیبات با وزن مولکولی کوچک مانند اسیدهای آمینه آزاد ، آلکاسیدها ، ترپنها و فلاونوئیدها تکیه می کند ، این ترکیبات معمولا تحت عنوان ترکیبات ثانویه نامیده می شوند. این روش بویژه در حل مسائل رده بندی در جایی که دورگ گیری یک عامل باشد مناسب است. رده بندی مولکولهای بزرگ در ارتباط با مولکولهای پلی مری مانند DNA و RNA ، پلی ساکاریدها و پروتئینها می باشد. این روش در حل پاره ای از مسائل پیچیده تر رده بندی بخصوص آنهایی که روابط بین سطوح بالاتر را شامل می شوند ، مناسب است.
بنابراین در حال حاضر روش بیوشیمیایی به طور قطعی در حل بسیاری از مسائل رده بندی مفید است. اما این روش در بسیاری از موارد نیز مفید نیست. بعلاوه چنین مطالعاتی فقط در مورد موجودات در قید حیات امکان پذیر است و بنابراین ردیابی مسیر تاریخ تکاملی مشکل است. روش بیوشیمیایی نمی تواند با توجه به فیلوژنی موجودی که گزارشهای فسیلی آن نامناسب یا وجود ندارد به قضاوت قطعی منجر می شود. بیشتر کارهای رده بندی بیوشیمیایی فقط بر اساس اختلافات کمی و کیفی مواد تشکیل دهنده تمام بدن موجودات یا یکی از بافتهای آنها ست. صفات مرفولوژیکی مانند خصوصیات شیمیایی نیز متغیر هستند. درک صحیح روابط رده بندی موجودات برای آشکار کردن تنوع الگوهای بیوشیمیایی نیازمند مقایسه تعدادی از خصوصیات بیوشیمیایی در ترکیب با صفت دیگری است صرفا بر اساس یک صفت بیوشیمیایی ممکن نیست. نظر به اینکه پروتئینها و اسیدهای نوکلیئیک یک تخمین معتبر هر چند غیر مستقیم از درجه همانندی ژنتیکی بین حیوانات را فراهم می کنند ، برای درک روابط رده بندی حیوانات مقایسه خصوصیات مختلف اجزاء شیمیایی تشکیل دهنده مناسبتر از سایر اجزاء تشکیل دهنده است. انتشار اسیدهای آمینه آزاد در اندامهای مختلف حشرات نسبت به وجود یا عدم وجود محض یا تراکم آن در کل بدن یا یکی از بافتهای بدن حیوانات از ارزش رده بندی بالاتری بر خوردار است.

انواع روشهای شیمیایی
این مطالعات به پنج روش ایمنی شناسی ، کروماتوگرافی ، الکتروفوز ، اسپکتروفتومتری و بافت شناسی شیمیایی انجام می شوند. همه این روشها در ارتباط است با مشخص کردن ترکیبات شیمیایی بافتها و سرم خون که مواد شیمیایی لازم برای تغذیه سلولها هم در رشد و هم تولید مثل حمل می کند.


الف- روش ایمنی شناسی
این روش بر واکنش ته نشینی ( رسوب ) استوار است که برای مطالعه آنتی ژنهای محلول مانند آنهایی که در سرم حیوانی یا ترشحات بافت گیاهان یا حیوانات وجود دارند ، ترجیح داده می شود. این روش اولین بار به وسیله Rudolph Krauss در مورد میکروارگانیزمها کشف شد. استفاده از آن براساس این حقیقت است که : پروتئینهای یک موجود در برابر پروتئینهای موجود خویشاوند به طور قویتری با آنتی بادیها واکنش نشان خواهد داد تا در برابر پروتئینهای موجود با درجه خویشاوندی کمتر. یک آنتی ژن ( معمولا یک پروتئین ) ، وقتی به یک حیوان تزریق شود حیوان را به تولید ترکیباتی تحریک خواهد کرد ، آنتی بادیها با درجه اختصاصی زاید در برابر مواد تزریق شده در واکنش نشان خواهد داد. حیوانات دارای آنتی بادی مصون در نظر گرفته می شود و فرآیند ایمن سازی ، زمانی که با نسبت مناسب آنتی ژنی محلول با سرم مصون مخلوط شود به وسیله تشکیل یک رسوب آشکار می شود. با استفاده از این روش تعیین اینکه یک آنتی ژن مختص یک جنس ، گونه هایی از جنس ، یا حتی نژاد بخصوصی در یک گونه است و یا واکنشهای آمیزشی را نشان می دهد نیز امکان پذیر است.
اگر چه این عمل بیش از نیم قرن مورد استفاده بوده ، تا کنون به حد مورد انتظار برای ما مفید نبوده است.

ب- کروماتوگرافی
روشی است که به وسیله آن می توان اجزای یک مخلوط مرکب را مجزا و شناسایی نمود. این روش بر اساس مقادیر متفاوتی است که ترکیبات در یک مخلوط مضاعف در طول یک محیط متخلخل مانند قطعه ای از کاغذ ( کروماتوگرافی کاغذی ) یا ستون از پودر گچ ( کروماتوگرافی ستونی ) حرکت می کنند. کروماتوگرافی کاغذی به طور گسترده برای مقایسه ترکیبات شیمیایی گونه های نزدیک به هم ، مخصوصا با توجه به اسیدهای آمینه و پپتیدها در تیمار نینهیدرین و پورین ها و پیریمیدین ها یا سایر ترکیباتی که نور ماوراء بنفش را جذب یا عبور می دهند ، مورد استفاده بوده است. مواد مورد تجزیه به دو روش کلی تهیه می شوند. یا قطعاتی از بافتها یا حیوانات کوچک کامل به طور مستقیم بر روی ***** کاغذی فشرده و له می شوند یا عصاره هایی تهیه می شوند که پروتئینهای محلول در آنها ته نشین شده باشد به طوری که محلول حاصله تنها شامل اسیدهای آمینه و پپتیدهای کوچک باشد.