در ۱۳ اوت ۱۹۶۱، دولت آلمان شرقی شروع به ساختن دیوار برلین و جدایی برلین شرقی از قسمت غربی این شهر کرد. این امر به علت حضور نظامی آمریکا در برلین غربی بود. کندی مدعی شد که این بر خلاف توافقات «چهار قدرت» است ولی با این حال جلوی احداث و پیشروی آن تا طول ۱۵۵ کیلومتری را نگرفت و مخالفتی جدی با این قضیه نکرد.

بحران موشکی کوبا در ۱۴ اکتبر ۱۹۶۲ شروع شد. این بحران وقتی شروع شد که هواپیماهای جاسوسی آمریکایی از پایگاه‌های موشک‌های هسته‌ای میان‌برد شوروی در کوبا تصاویری تهیه کردند که استقرار موشک‌های شوروی در کوبا را مشخص می‌نمود. کندی در مقابل دوراهی مهمی قرار گرفته بود. اگر آمریکا به این پایگاه‌ها حمله می‌کرد جنگ جهانی‌ هسته‌ای با شوروی به سادگی آغاز می‌شد و اگر دست به هیچ اقدامی نمی‌زد باید خطر وجود سلاح‌های هسته‌ای در چند کیلومتری خودش را می‌پذیرفت. خطر دیگر این بود که آمریکا به عنوان نیروی ضعیف‌تر، آن‌هم در نیم‌کرهٔ خودش، شناخته شود. بسیاری از مقامات نظامی و کابینهٔ کندی خواستار حملهٔ هوایی بودند اما کندی تنها دستور به قرطینهٔ دریایی داد و تمام کشتی‌ها را مورد بازرسی قرار داد. او شروع به مذاکراتی با شوروی کرد و تنها یک هفتهٔ بعد با رهبر وقت شوروی، ‌نیکیتا خروشچف، به توافق رسید. خروشچف توافق کرد که موشک‌ها را از کوبا بیرون ببرد و آمریکا قول داد که هرگز به کوبا حمله نکند. همچنین در بند مخفی توافق‌ قرار بر این شد که آمریکا تا شش ماه دیگر موشک‌های خود را از ترکیه خارج کند. پس از این حادثه که بیش از هر زمانی (حتی تا به امروز) در تاریخ، جهان را به جنگ هسته‌ای نزدیک کرد،‌ کندی در مقابله با اتحاد شوروی بیشتر مراقب بود.

کندی با اعلام این‌که «آنانی که انقلاب صلح‌آمیز را غیرممکن کنند،‌ انقلاب خشونت‌آمیز را گریزناپذیر می‌کنند» با کمونیسم در آمریکای لاتین مبارزه می‌کرد. او «اتحاد برای پیشروی» را تأسیس کرد و کمک‌های مالی بسیاری به کشورهای آمریکای لاتین داد تا از انقلاب‌های کمونیستی در آن‌ها جلوگیری کند. او برای جا افتادن «اتحاد برای پیشروی» با فرماندار وقت پورتوریکو، «لوئیز مونوژ مارین،» همکاری نزدیکی داشت.

مثال دیگری از باور ظاهری کندی به قدرت غیرنظامی برای پیشرفت جهان تأسیس «نیروهای صلح» بود. در این برنامه (که تا به امروز نیز ادامه دارد)، آمریکایی‌های داوطلب به ملل در حال توسعهٔ جهان در اموری چون تحصیلات، کشاورزی،‌ پزشکی و ساخت و ساز کمک می‌کردند.