تاریخ ژاپن شامل تاریخ رشته جزیره‌های ژاپن و مردم ژاپن می‌شود و از دوران پیش از تاریخ، تا تاریخ نوین این کشور را به عنوان یک دولت-ملت در بر می‌گیرد. نخستین ارجاع شناخته‌شده نوشتاری به ژاپن در قرن اول میلادی و در مجموعه متن‌های چینی بیست و چهار تاریخ دیده می‌شود. با این حال شواهد حاکی از آن است که بشر از اواخر دوران پارینه‌سنگی در جزیره‌های ژاپن زندگی می‌کرده است. در پایان آخرین عصر یخبندان ژاپن از طریق خشکی با قاره اوراسیا پیوند داشت. آب شدن یخ‌ها باعث جدا شدن جزیره‌های ژاپن از خشکی‌های قاره اوراسیا شد.