علی لاریجانی در جلسه شورای عالی انقلاب فرهنگی كه در نبود رئیس جمهور ریاست آن را به عهده داشت، پیشنهاد جدیدی داد كه سه عضو هیات امنای دانشگاه آزاد كه قرار بود به پیشنهاد شورا معرفی شوند، در روشی متفاوت توسط هیات موسس دانشگاه آزاد و از بین اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی انتخاب شوند.

به گزارش فارس شورای عالی انقلاب فرهنگی در جلسه ۱۱ آبان خود مقرر كرده بود كه هیات امنای دانشگاه آزاد علاوه بر شخصیت های حقوقی، یعنی وزرای علوم، تحقیقات و فن آوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشكی یا نمایندگان آنها، رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه ها یا معاون وی و رئیس دانشگاه به عنوان دبیر هیات امنا، با معرفی پنج نفر از اعضای هیات علمی تمام وقت دانشگاه ها در مرتبه دانشیاری یا بالاتر به پیشنهاد و تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی و همچنین چهار نفر از اعضای هیات موسس دانشگاه آزاد تشكیل شود كه حتما یك نفر از آنها روحانی باشد، اما با تصمیم و تصویب جدید شورای عالی انقلاب فرهنگی، دو نفر از گزینه های پیشنهادی شورای عالی انقلاب فرهنگی و یك نفر از گزینه های پیشنهادی هیات موسس دانشگاه آزاد كم شده و تعداد ۱۳ نفره هیات امنا به ۱۰ نفر كاهش یافته است تا در نهایت سه نفر از اعضای هیات علمی دانشگاه ها با مرتبه علمی دانشیار و بالاتر به انتخاب اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی و ۳ نفر از اعضای هیات موسس دانشگاه آزاد كه یكی از آنها حتما باید روحانی باشد، انتخاب شود.

بعد از تصویب این موارد و اعتراضات هیات موسس دانشگاه آزاد مبنی بر باقی بودن شائبه دولتی شدن هیات امنای دانشگاه آزاد، اجرای اساسنامه این دانشگاه برای معرفی رئیس جدید همچنان متوقف مانده است.